Дальневосточная железная дорога таким образом перешла на трехуровневую структуру управления.

В рамках реализации 3-го этапа реформы ОАО «РЖД» в целях оптимизации структуры управления компанией холдингового типа с 1 июля 2010 года в составе Дальневосточной железной дороги упразднены Хабаровское, Владивостокское, Комсомольское, Тындинское отделения дороги, их функции переданы в соответствующие отраслевые и функциональные службы. Таким образом, вместо 4-х уровней управления «компания – дорога – отделение — предприятие» введена схема «компания – дорога – предприятие, сообщили ДВ – РОСС в службе по связям с общественностью Дальневосточной железной дороги – филиала ОАО «РЖД».

Основные принципы, модель и механизмы перехода дороги на трехуровневую систему управления направлены на сохранение оперативности в решении производственных вопросов и безопасности движения поездов.
Для поддержания эффективной эксплуатационной работы, обеспечения безопасности движения поездов и координации деятельности всех подразделений, находящихся в регионе, введены должности заместителей начальника железной дороги по регионам (Владивостокский, Комсомольский, Тындинский).

Оптимизация численности работников в процесс реорганизации ведется за счет естественного оттока кадров и применения системы внутритранспортных перемещений, а также трудоустройства потенциально высвобождаемых работников на имеющиеся вакантные места.