Зоной деятельности Амурской таможни определён Хабаровский край: Амурский, Комсомольский, Николаевский, Солнечный, Ульчский районы, общей площадью более 326 тысяч квадратных километров с протяжённостью границы ответственности более 2 200 километров, и города краевого подчинения Комсомольск-на-Амуре, Николаевск-на-Амуре, Амурск.
.
Структура таможни представлена тремя таможенными постами: Комсомольским-на-Амуре, Николаевским и Ленинским, 19 отделами и отделениями.

Странами-контрагентами являются: Китай (38,1% всего товарооборота), Вьетнам (15%), Филиппины (12,3%), Республика Корея (8,8%), Таиланд (5,7%), США (5,3%), Германия (4,4%), Япония (2,8%).

На экспорт в основном отправляется древесина и изделия из нее (73,4%), чёрные и цветные металлы, изделия из них (26,6%). Как отмечает пресс-служба таможенной службы, доля обработанной древесины по отношению к необработанной в 2010 выросла до 19,7% (в 2009 году она равнялась 5,9%).

Импортируются в основном: керамические изделия (20,6%); чёрные и цветные металлы, изделия из них (20,3%); машиностроительная продукция (19,7%); Продукция нефтехимического комплекса (16,2%).
Основной показатель деятельности таможни является перечисление средств в федеральный бюджет, который выполнен на 105,3%. С начала 2010 года Амурской таможней перечислено в государственную казну в виде пошлин, налогов и сборов около 1 млрд. 30 млн. рублей.
По линии правоохранительной деятельности с начала года возбуждено 141 дело об административном правонарушении, что на 19 % больше по сравнению с аналогичным периодом прошлого года. Возбуждено 33 уголовных дела по ч. 1 ст. 188 (контрабанда), что больше в 6 раз за аналогичный период прошлого года.

Коллектив Амурской таможни – 148 человек, возглавляет его полковник таможенной службы Дмитрий Петров.