Планируется, что совершенствованием этой технологии займется малое инновационное предприятие «ГЕОсофтЛАБ»

Ученые из Академгородка научились расшифровывать геном человека за 20 минут. Планируется, что совершенствованием этой технологии займется малое инновационное предприятие «ГЕОсофтЛАБ». Предприятие создано Новосибирским государственным университетом совместно с Институтом нефтегазовой геологии и геофизики СО РАН и компанией «СофтЛаб-НСК», сообщает Центр общественных связей СО РАН. Учредители уже наметили ряд задач, которые будет решать новое предприятие, информирует ДВ-РОСС.

— Как известно, геофизика — крупнейший, если не самый крупный, потребитель компьютерных ресурсов, — говорит декан факультета информационных технологий НГУ доктор физико-математических наук профессор Михаил Лаврентьев.
Поиск полезных ископаемых и их извлечение — это очень большой и тяжелый счет, огромные задачи. В Новосибирске есть предприятие, которое выпускает зонды для нефтяных скважин, спроектированные в ИНГГ СО РАН. Для обработки полученных данных в институте создано соответствующее программное обеспечение. Но институту не свойственно заниматься продажами, и мы надеемся, что это станет одним из направлений работы созданного предприятия. «СофтЛаб-НСК» займется совершенствованием этого продукта, а университет планирует организацию курсов по владению этим пакетом, требующим профессионального уровня умений. Положительный опыт в этом направлении можно будет распространять и на другие программные решения, пишет портал Сибкрай.ру

«В конечном итоге мы планируем создать линейку программных продуктов, которые будут обслуживать уникальные приборы, созданные и создаваемые в нашем институте и производимые научно-производственным предприятием геофизической аппаратуры «Луч». Как всем понятно, «железо» ничего не стоит без современной интеллектуальной начинки, созданной с использованием информационных технологий», — добавляет заместитель директора по научной работе ИНГГ СО РАН доктор технических наук Игорь Ельцов.

— Есть совместные наработки с Институтом цитологии и генетики СО РАН по биоинформатике. Например, геном одного человека занимает 3,6 Гб памяти, сейчас геномов расшифровано очень много, эту информацию нужно обрабатывать, это невероятно большой счет. Задача «Поиск мотива в геномной последовательности» считается на персональном компьютере 14 дней, на кластере — сутки, на ПК с использованием возможностей современного графического ускорителя — 9 часов, на ПК со специальным графическим ускорителем — 6,5 часов. Институт автоматики и электрометрии СО РАН совместно с «СофтЛаб-НСК» разработали плату, в основе которой лежит кристалл вентильной матрицы, программируемой пользователем (FPGA), с ее помощью эта задача решается 20 минут. Если поставить более дорогой кристалл FPGA, больший по размеру, то, по теоретическим прикидкам, время сократится до 1 минуты. Выигрыш в производительности в сравнении с начальными результатами — 20 тысяч раз, что позволяет браться за новые классы задач. Это потенциальный и очень перспективный продукт для коммерциализации, — считает Михаил Лаврентьев.