В соответствии с Регламентом ФОНБЕТ-Первенства России по футболу, по итогам сезона-2016/17 состав Футбольной Национальной Лиги должны пополнить пять победителей турниров Профессиональной футбольной лиги и две команды Премьер-Лиги, занявшие 15-е и 16-е места.

Среди клубов ПФЛ пока также определился только один футбольный клуб, занявший первое место досрочно – «Чита» в группе «Восток».

Вместе с тем, ни «Томь», ни «Чита» не получили лицензию на следующий спортивный сезон: томичи ожидают решения Апелляционного комитета РФС по вопросам лицензирования, а читинцы и вовсе не стали проходить обязательную процедуру лицензирования для участия в Первенстве.

Согласно пункту 4.11 и пункту 4.14 Регламента ФОНБЕТ-Первенства России по футболу, преимущественным правом на замену клубов РФПЛ и ПФЛ, не получивших лицензию, обладает клуб ФНЛ, выбывший из состава участников по итогам первенства и имеющий лицензию для участия в первенстве следующего спортивного сезона.
В настоящий момент, в числе клубов ФНЛ, выбывших по итогам прошедшего спортивного сезона и имеющих лицензию для участия в

Первенстве следующего сезона, значатся «Мордовия», «Сокол», «Спартак-Нальчик» и «Нефтехимик». Три клуба ФНЛ — «Факел», «Луч-Энергия» и «Кубань» — вместе с упомянутой выше «Томью» ожидают решения Апелляционного комитета РФС по вопросам лицензирования, заседание которого состоится 30 мая