12 апреля 1606 года утверждён новый флаг союза Англией и Шотландией: на шотландский флаг святого Андрея (белый косой крест на синем фоне) был наложен английский флаг святого Георгия (красный крест на белом фоне).

История флага Великобритании начинается с 1603 года, когда король Шотландии Яков VI унаследовал престол Англии и стал английским королём под именем Якова I. При этом союз между Англией и Шотландией носил характер личной унии, и они оставались независимыми государствами

Union Jack первоначально использовался только на море как военными, так и торговыми кораблями обеих стран. 5 мая 1634 года его было предписано использовать только военным судам в качестве гюйса (отсюда и его обиходное наименование «Юнион Джек» — Jacks по-английски носовой флаг военного судна), в то время как торговые корабли должны были поднимать флаги святого Георга (английские) или святого Андрея (шотландские). При этом наземные части продолжали использовать знамёна своих стран. В Шотландии имел некоторое распространение национальный вариант флага, в котором белый крест святого Андрея располагался выше красного английского креста.

После принятия в 1707 году Акта об Унии, объединившего оба королевства в единое Королевство Великобритании, объединённый флаг стал флагом нового государства.

В 1801 году с принятием Акта об объединении Великобритании и Ирландии было образовано Соединённое королевство Великобритании и Ирландии. К флагу, существовавшему прежде, был добавлен символ Ирландии — крест святого Патрика. При этом белый шотландский и красный ирландский крест пересекаются определённым образом. В таком виде флаг Великобритании и дошёл до наших дней. Синий цвет современного шотландского флага светлее синего цвета, используемого в Union Jack. Между тем, в Уэльсе периодически раздаются призывы поместить на флаг красного дракона, национальный символ Уэльса, дабы избежать «дискриминации» этой части Соединённого Королевства.